Hệ nhị nguyên giới đã tạo nên một kết cấu quyền lực được thể chế hóa, và những cá nhân nhận dạng bản thân có giới nằm ngoài hệ nhị nguyên giới truyền thống có thể sẽ phải chịu sự kì thị và quấy rối ngay tại chính nội bộ cộng đồng LGBTQ+. Hầu hết những sự phân biệt đối xử này bắt nguồn từ những kì vọng của xã hội về giới được thể hiện ngay trong cộng đồng LGBTQ+. Tuy nhiên, nhiều thành viên của cộng đồng LGBTQ+ và các nhóm vận động quyền trẻ tuổi đã cống hiện vào sự nghiệp chối bộ hệ nhị nguyên giới ngay bên trong cộng đồng LGBTQ+. Nhiều cá nhân của cộng đồng LGBTQ+ đã nêu ra một hệ thống quyền lực của cộng đồng LGBTQ+, và những người không nhận dạng bản thân là một trong hai giới trong hệ nhị nguyên thường đứng dưới cùng của hệ thống quyền lực này. Vô số những yếu tố khác như sắc tộc, dân tộc, tuổi tác, giới, giới tính và các mặt khác có thể nâng hoặc hạ vị trí của một người trong hệ thống này.[18]

Trên toàn thế giới có tồn tại nhiều cá nhân và nhiều các nền văn hóa khác nhau có thể được coi là những trường hợp ngoại lệ của hệ nhị nguyên hoặc những nhân dạng chuyển giới cụ thể. Đối với những cá nhân liên giới tính bẩm sinh, ở đây có tồn tại những vai trò xã hội cụ thể xoay quanh những mặt của cả hai hoặc không một giới nào nằm trong hệ nhị nguyên giới. Đây bao gồm nhóm Two-Spirit của người thổ dân châu Mỹ và hijra của người Ấn Độ. Nhà triết gia nữ quyền Mariá Lugones đã tranh luận rằng những người khai hoang từ phương Tây đã áp đặt hệ thống nhị nguyên giới lên những người bản địa, thay thế những quan niệm bản địa đã xuất hiện từ trước.[19] Trong xã hội phương Tây, những người phi nhị nguyên giới và đa dạng giới đã bứt phá khỏi hệ nhị nguyên bằng cách chối bỏ những thuật ngữ như "nam" và "nữ". Người chuyển giới cũng có một vị thế đặc biệt trong sự liên hệ tới hệ nhị nguyên giới. Trong một số trường hợp, nhằm để tuân theo những mong đợi của xã hội về giới, nhiều cá nhân chuyển giới có thể trải qua phẫu thuật định giới, trị liệu nội tiết tố, hoặc cả hai.[20]